=== mira oh === ## [[Date(2008-04-07)]] === 2008-04-07 === === Association === * Association to Gene Expression Phenotype * Quantitative Trait Loci (QTL) - R package http://www.rqtl.org/ * general SNP data analysis * not execute gene expression data ---- http://wiki.kldp.org/wiki.php/gcancer === 2008-04-08 === * gene expression과 cnv window size별로 자료 구분 * 같은 window size의 자료를 평균로 구함. === 2008-04-10 === * 각 chromosome에서 공통된 window size의 자료를 가지고 R^2를 구한결과 가장 큰 값은 0.4866312 * cnv자료의 값이 0인 경우는 simple linear regression 구할 수 없음 === 2008-04-11 === * cnv 자료에서 모든 표본이 '0'인 경우 삭제, gene expression 자료는 음수인 경우 '0'으로 대체해서 window size의 반복실행한 결과 max(R^2)=0.6195708 * 두 자료의 window size별로 반복 실행되므로 39분 소요됨. === 2008-04-14 === * 각 gene을 표본에 대해서 permuation하여 p값 구하기 ... * univariate t-test의 p값 ... * corrected p-value ? === 2008-04-15 === * gene expression 자료를 permutation한 R^2가 원래의 R^2값보다 큰 빈도수 구하기 ... * 원래의 R^2 > 0.1 보다 큰 자료를 가지고 permutation... === 2008-04-16 === * 원래의 R^2 > 0.1 보다 큰 자료를 가지고 permutation하면 시간이 오래걸림 * R^2 > 0.3 과 R^2 > 0.2 인 경우 실행 * R^2 > 0.1은 주말에 실행 예정 === 2008-04-17 === * GBM_SNP의 Top50인 결과, CBS 결과와 CNV+Gene 결과 비교 === 2008-04-18 === * GBM_SNP의 Top50인 결과, CBS 결과와 CNV+Gene 결과 비교 * 공통적인 chromosome의 position 찾기 ----